かつては中国南部やベトナムに分布するオナガヤマガメの亜種とされていましたが、1992年に独立種と認められ、国の天然記念物に指定されました。1980年代前半に比べて目撃頻度が顕著に低下しており、個体数は明らかに減少していると考えられています。

　おもな減少の原因は森林伐採と河川開発による生息域の縮小で、また林道開発による生息域の分断と、側溝への墜落死も大きな影響を与えています。さらに近年、沖縄本島では林道開設によって、天敵となるマングースや野生化したノイヌ・ノネコが生息地に容易に侵入し、リュウキュウヤマガメ生存にとって大きな脅威となっています。

　沖縄では、昔から「ヤマガーミー」と呼ばれ親しまれており、今から10年程前、国頭村奥には、「カメちゃんが通るSOS」、「カメさんにも家族がいます」といったヤマガーミーを守るための看板がたくさん立っていました。

　それは、当時全校生徒が14名の小さな学校、奥小学校の全校生徒で書いた看板で、とても優しさにあふれた看板だということで、新聞に取り上げられ絵本にまでなりました。

　北部国道事務所でも、そのこども達の優しさをお手本にリュウキュウヤマガメのロードキル対策を行っています。