石垣港は、八重山地域の産業活動の拠点として機能しています。例えば住宅などの建設に用いる資材、あるいは、日常生活に欠かせない電気の源となる重油、自動車の燃料となる石油製品の移入、各離島への移出はすべて石垣港を拠点として行なわれています。

　復帰当時は、台風等の荒天時に船舶が欠航した際、生活物資が不足するなど、日常生活に支障を来すことがありました。しかしながら、離島埠頭の拡大により、船舶の大型化、フェリー化が進み、大量の貨物輸送が可能となりました。その結果、八重山離島地域へ安定的に生活物資を供給することが可能となりました。

青い海をはじめとして、豊かな自然環境に恵まれた八重山地域において石垣港は重要な基幹産業として発展を続ける観光に大きく貢献しています。また、現在整備が進められている新港地区では、通常の港湾機能に加え、海洋性レクレーション機能を有する空間を形成することが位置づけられており、石垣港は、将来に向けてより一層地域の観光産業を支えていくものと考えられます。

　石垣港では、港湾整備によって失われる貴重なサンゴ等の自然を保全する立場から、工事の過程で発生する環境への負荷要因を極力排除するための工夫等努力をはらっています。しかし、やむを得ず保全ができない場合は、別海域に移植する方法で調査・検討を実施してきました。
　石垣港においては、新港地区の浅瀬にサンゴを移植し、環境保全と併せて、市民の憩いの場として活用を図ることを目指しています。また、サンゴと同様、海草類も当該海域の生態系にとって欠くことのできない貴重な資源であることから、これらを開発行為から保全するための一手段として、海藻類の移植の可能性と移植手段を検討するための調査を実施しています。