かつての那覇港は、港内の天然礁や人工構造物(防波堤)にサンゴが高被度で分布していました(礁斜面では被度50%以上の場所が広範囲に広がっていた)。こうした状況から、都市部に面していながらも美しいサンゴ礁生態系が分布する貴重な海域の一つとして注目されるようになりました。
しかし、1998年(平成10年)の白化現象によって那覇港のサンゴも大規模に衰退しました。場所による差異はあるものの、2001年(平成13年)の調査では人工構造物、天然礁の大部分において被度5%未満でした。天然礁においては、現在、回復が見られる場所もありますが、浦添ふ頭地区の天然礁ではほとんど回復が進んでいません。一方、人工構造物では徐々に回復しており、例えば新港第一防波堤の水深-1〜-3mでは被度30%以上にまで増加していることが確認されています。
※ 白化現象とは、海水温の上昇等によってサンゴの中の褐虫草が抜け出し、サンゴの骨格が白く透けて見える状態を言います。その状態が長く続くとサンゴは死んでしまいます。
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