那覇港や平良港、石垣港からは、それぞれ近くの離島とを船で結んでいます。
那覇港からは渡嘉敷島、座間味島、阿嘉島など、平良港からは伊良部島、多良間島など、　石垣港からは西表島、小浜島、竹富島などを結んでいます。
島々を結ぶ船のスピードアップや安定した運航によって、この美しく神秘的な島々を訪れる観光客が増えてきています。
　海外からの大型旅客船も増えていて、沖縄を訪れる外国客の約半分（およそ９万人）が“港”を利用しています。
　きれいな海を求めて那覇港からはクルーズ船や水中観光船（底がガラス張りで船の中から海の中がのぞけます）を利用する観光客も増えています。