石垣港湾事務所は、石垣港に関する直轄港湾工事の施工を行うため昭和４７年（１９７２）５月の本土復帰と同時に設置され、石垣港の整備、竹富南航路の開発・保全を行なっています。
当事務所は、社会基盤の整備、特に港湾施設（防波堤や岸壁等）の設計、各種調査及び工事の発注から監督をしています。
また、港湾管理者（石垣市）が定める将来計画の策定を支援します。そして日本最南端の重要港湾としてふさわしい「石垣港」を創っています。